Aynurə İsmayılova layihələrin idarə edilməsi və iqtisadi tədqiqat sahəsində 15 ildən artıq beynəlxalq təcrübəyə malik mütəxəssisdir. O, karyerasına 2004-cü ildə Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasında başlamış, daha sonra UNDP və Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat Nazirliyinin birgə layihəsində layihə meneceri kimi fəaliyyət göstərmişdir. İqtisadi İslahatlar Elmi-Tədqiqat İnstitutunda şöbə müdiri və direktor müavini vəzifələrində çalışmışdır.

Beynəlxalq maliyyə və inkişaf institutları ilə geniş əməkdaşlıq təcrübəsinə malik olan Aynurə İsmayılova Asiya İnkişaf Bankı (ADB), İslam İnkişaf Bankı (IsDB), İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatı (ECO) və TİKA kimi qurumların dəstəyi ilə həyata keçirilən layihələrdə rəhbər və koordinator kimi iştirak etmişdir.

2012–2021-ci illərdə ECO Tədqiqat Mərkəzinin yaradılması üzrə işçi qrupunun üzvü olmuş, regional əməkdaşlıq və analitik hesabatların hazırlanmasına töhfə vermişdir. Onun fəaliyyəti beynəlxalq səviyyədə yüksək qiymətləndirilmiş, 2016-cı ildə Qırğızıstan Respublikasının Maliyyə Nazirliyi tərəfindən təltif olunmuşdur.

Beynəlxalq akademik mühitdə fəal iştirak edən A. İsmayılova Çin, Almaniya və Cənubi Koreyada mübadilə və qonaq tədqiqatçı proqramlarında iştirak etmiş, 40-a yaxın beynəlxalq elmi tədbirdə təmsil olunmuşdur.

2021-ci ildən Azərbaycan Texniki Universitetində fəaliyyət göstərir. Universitet–sənaye əməkdaşlığının inkişafında fəal rol oynayaraq TUSAŞ ilə birgə həyata keçirilən “MGP”, “SKY Global” və “Lift UP” kimi strateji proqramlara rəhbərlik etmişdir. Hazırda İqtisadiyyat və statistika kafedrasının dosenti kimi fəaliyyət göstərir.